Créée en 1800, la commune de Boé doit, semble-t-il son nom aux nombreux bois qui entouraient la paroisse «Saint Sulpicien de Boë».
Ces espaces forestiers ont disparu depuis au profit d’une plaine agricole et d’une urbanisation péri urbaine.
Les historiens nous apprennent que le gué de Lecussan permettait, depuis les romains, de traverser la Garonne à pied.
La construction du pont de Saint-Pierre de Gaubert (1864) et de la route de Paris – Barèges diminuera l’intérêt de ce passage, entraînant la disparition d’un petit village de pêcheurs composé de 6 à 7 maisons.
Le bac et le bateau à rames succéderont au gué dès le 13eme siècle.
Concernant le trafic fluvial, Boé Saint-Sulpice (Boé village aujourd’hui) sera un port de bateliers.
La construction du barrage de Beauregard va interrompre le trafic fluvial vers Toulouse en 1852 et vers Bordeaux en 1914. De ce fait, la population décroîtra lentement.
La confrérie des mariniers de Boé, créée en 1991, continue à défendre les valeurs des lieux d’escale et répandre la bonne réputation de Boé, terre d’accueil et de convivialité. Elle raconte la vie des pêcheurs d’alose au filet ou au coul, la vie le long du fleuve.
«Garonne», c’est aussi des crues exceptionnelles comme celles de 1875 (11.70 mètres), de 1930 (10.86 mètres) ou encore 1952 (10.56 mètres). L’eau s’est étalée sur près de 60 % du territoire communal causant de nombreux dégâts tant humains que matériels. Ces alluvions sont venues enrichir les sols de la plaine de Boé nichés dans les contreforts du fleuve et ont permis le développement d’une activité agricole et rurale (181 exploitations en 1959) tournée vers le maraîchage et la production de fruits.
Pourtant, avec la création du canal latéral à la Garonne et plus tard la création de la voie ferrée Bordeaux – Toulouse, l’activité agricole va perdre de son influence au profit d’activités industrielles, au nord de la commune, dans les années cinquante.
Dans la plaine de Boé, quelques demeures de campagne, manoirs, mothes et châteaux ont été construits et entretenus par des propriétaires issus de l'élite sociale agenaise, personnages influents de la région.